Проверяем список установленных пакетов php
Сейчас стоит версия php 5.5. Запишем этот список куда нибудь, чтобы потом установить те же пакеты, но версии 5.6.
Удаляем все php пакеты:
Удостоверимся в том, что php нет
Установим php 5.6
Теперь версия php
Ну и достановим те пакеты, которые были ранее:
Проверит установленные пакеты
Перезапустим apache
PS. Обновление php я производил на amazon es2. В репозиториях амазона уже есть php 5.6. Если в вашем дистрибутиве нет репозиториев с php нужной версией, то необходимо их добавить